MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Staphylococcus warneri SG1 plasmid clone pvSw4 genomic sequence

Total Repeats: 362

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020266	ATGT	2	8	53	60	25 %	50 %	25 %	0 %	449338591
2	NC_020266	TCA	2	6	121	126	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	449338591
3	NC_020266	TAA	2	6	139	144	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	449338591
4	NC_020266	T	6	6	147	152	0 %	100 %	0 %	0 %	449338591
5	NC_020266	TTC	2	6	160	165	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	449338591
6	NC_020266	ATG	2	6	219	224	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	449338591
7	NC_020266	AT	3	6	257	262	50 %	50 %	0 %	0 %	449338591
8	NC_020266	TAG	2	6	289	294	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	449338591
9	NC_020266	CAT	2	6	551	556	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	449338592
10	NC_020266	TTAA	2	8	625	632	50 %	50 %	0 %	0 %	449338592
11	NC_020266	TAT	2	6	647	652	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	449338592
12	NC_020266	T	6	6	675	680	0 %	100 %	0 %	0 %	449338592
13	NC_020266	TTTA	2	8	714	721	25 %	75 %	0 %	0 %	449338592
14	NC_020266	AGC	2	6	735	740	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	449338592
15	NC_020266	T	6	6	756	761	0 %	100 %	0 %	0 %	449338592
16	NC_020266	TAATT	2	10	778	787	40 %	60 %	0 %	0 %	449338592
17	NC_020266	GTT	2	6	839	844	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	449338592
18	NC_020266	T	6	6	849	854	0 %	100 %	0 %	0 %	449338592
19	NC_020266	CCA	2	6	859	864	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	449338592
20	NC_020266	TAT	2	6	893	898	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	449338592
21	NC_020266	ATC	2	6	987	992	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	449338592
22	NC_020266	T	7	7	1007	1013	0 %	100 %	0 %	0 %	449338592
23	NC_020266	TTA	2	6	1021	1026	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	449338592
24	NC_020266	T	8	8	1164	1171	0 %	100 %	0 %	0 %	449338592
25	NC_020266	GCAATT	2	12	1231	1242	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	449338592
26	NC_020266	TAA	2	6	1382	1387	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	449338593
27	NC_020266	GTA	2	6	1393	1398	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	449338593
28	NC_020266	T	6	6	1429	1434	0 %	100 %	0 %	0 %	449338593
29	NC_020266	TA	3	6	1438	1443	50 %	50 %	0 %	0 %	449338593
30	NC_020266	TGCT	2	8	1496	1503	0 %	50 %	25 %	25 %	449338593
31	NC_020266	TAA	2	6	1548	1553	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	449338593
32	NC_020266	AAT	2	6	1558	1563	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	449338593
33	NC_020266	CATAA	2	10	1603	1612	60 %	20 %	0 %	20 %	449338593
34	NC_020266	ACC	2	6	1615	1620	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	449338593
35	NC_020266	ATA	2	6	1676	1681	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	449338593
36	NC_020266	TTA	2	6	1709	1714	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	449338593
37	NC_020266	TTA	2	6	1741	1746	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	449338593
38	NC_020266	A	7	7	1793	1799	100 %	0 %	0 %	0 %	449338593
39	NC_020266	GATAC	2	10	1807	1816	40 %	20 %	20 %	20 %	449338593
40	NC_020266	A	8	8	1834	1841	100 %	0 %	0 %	0 %	449338593
41	NC_020266	AT	3	6	1899	1904	50 %	50 %	0 %	0 %	449338593
42	NC_020266	AT	3	6	1956	1961	50 %	50 %	0 %	0 %	449338593
43	NC_020266	TCT	2	6	2024	2029	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	449338593
44	NC_020266	AAAG	2	8	2069	2076	75 %	0 %	25 %	0 %	449338593
45	NC_020266	TAA	2	6	2118	2123	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	449338593
46	NC_020266	TAT	2	6	2160	2165	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	449338593
47	NC_020266	T	6	6	2188	2193	0 %	100 %	0 %	0 %	449338593
48	NC_020266	AT	3	6	2201	2206	50 %	50 %	0 %	0 %	449338593
49	NC_020266	CATT	2	8	2212	2219	25 %	50 %	0 %	25 %	449338593
50	NC_020266	AGA	2	6	2245	2250	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	449338593
51	NC_020266	TTAA	2	8	2251	2258	50 %	50 %	0 %	0 %	449338593
52	NC_020266	AAG	2	6	2264	2269	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	449338593
53	NC_020266	A	6	6	2278	2283	100 %	0 %	0 %	0 %	449338593
54	NC_020266	AATT	2	8	2291	2298	50 %	50 %	0 %	0 %	449338593
55	NC_020266	T	6	6	2322	2327	0 %	100 %	0 %	0 %	449338593
56	NC_020266	ATTATA	2	12	2375	2386	50 %	50 %	0 %	0 %	449338593
57	NC_020266	GAA	2	6	2472	2477	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	449338593
58	NC_020266	AAAG	2	8	2503	2510	75 %	0 %	25 %	0 %	449338593
59	NC_020266	ATTT	2	8	2545	2552	25 %	75 %	0 %	0 %	449338593
60	NC_020266	CAT	2	6	2572	2577	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	449338593
61	NC_020266	CTCAA	2	10	2735	2744	40 %	20 %	0 %	40 %	449338593
62	NC_020266	AATTA	2	10	2747	2756	60 %	40 %	0 %	0 %	449338593
63	NC_020266	TGGA	2	8	2791	2798	25 %	25 %	50 %	0 %	449338593
64	NC_020266	ATG	2	6	2848	2853	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	449338593
65	NC_020266	A	6	6	2875	2880	100 %	0 %	0 %	0 %	449338593
66	NC_020266	TCT	2	6	2896	2901	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	449338593
67	NC_020266	ATT	2	6	2904	2909	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	449338593
68	NC_020266	ACAGGT	2	12	2947	2958	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	449338593
69	NC_020266	TAA	2	6	2976	2981	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	449338593
70	NC_020266	GGT	2	6	2984	2989	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	449338593
71	NC_020266	TAT	2	6	3022	3027	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	449338593
72	NC_020266	A	6	6	3086	3091	100 %	0 %	0 %	0 %	449338593
73	NC_020266	AATAT	2	10	3164	3173	60 %	40 %	0 %	0 %	449338594
74	NC_020266	A	6	6	3179	3184	100 %	0 %	0 %	0 %	449338594
75	NC_020266	AAG	2	6	3228	3233	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	449338594
76	NC_020266	TA	3	6	3270	3275	50 %	50 %	0 %	0 %	449338594
77	NC_020266	A	6	6	3275	3280	100 %	0 %	0 %	0 %	449338594
78	NC_020266	ATTT	2	8	3311	3318	25 %	75 %	0 %	0 %	449338594
79	NC_020266	TCA	2	6	3323	3328	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	449338594
80	NC_020266	AGA	2	6	3337	3342	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	449338594
81	NC_020266	TAA	2	6	3376	3381	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	449338594
82	NC_020266	GAA	2	6	3431	3436	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	449338594
83	NC_020266	GAA	2	6	3455	3460	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	449338594
84	NC_020266	TA	3	6	3775	3780	50 %	50 %	0 %	0 %	449338595
85	NC_020266	TGTT	2	8	3800	3807	0 %	75 %	25 %	0 %	449338595
86	NC_020266	TCT	2	6	3816	3821	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	449338595
87	NC_020266	TGC	2	6	3914	3919	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	449338595
88	NC_020266	T	6	6	3929	3934	0 %	100 %	0 %	0 %	449338595
89	NC_020266	TAA	2	6	3947	3952	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	449338595
90	NC_020266	TCA	2	6	3979	3984	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	449338595
91	NC_020266	AAT	2	6	4034	4039	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	449338595
92	NC_020266	AATT	2	8	4082	4089	50 %	50 %	0 %	0 %	449338595
93	NC_020266	AAT	2	6	4150	4155	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	449338595
94	NC_020266	AACG	2	8	4503	4510	50 %	0 %	25 %	25 %	449338596
95	NC_020266	GAG	2	6	4597	4602	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	449338596
96	NC_020266	CAT	3	9	4731	4739	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	449338596
97	NC_020266	T	7	7	4756	4762	0 %	100 %	0 %	0 %	449338596
98	NC_020266	TCA	2	6	4784	4789	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	449338596
99	NC_020266	CTT	2	6	4887	4892	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	449338596
100	NC_020266	ATT	2	6	4900	4905	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	449338596
101	NC_020266	ATCA	2	8	4906	4913	50 %	25 %	0 %	25 %	449338596
102	NC_020266	TTC	2	6	4949	4954	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	449338596
103	NC_020266	TAA	2	6	5002	5007	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	449338596
104	NC_020266	ATTAAA	2	12	5012	5023	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	449338596
105	NC_020266	TG	3	6	5054	5059	0 %	50 %	50 %	0 %	449338596
106	NC_020266	ATT	2	6	5074	5079	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	449338596
107	NC_020266	CAA	2	6	5130	5135	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	449338596
108	NC_020266	TCA	2	6	5139	5144	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	449338596
109	NC_020266	T	6	6	5152	5157	0 %	100 %	0 %	0 %	449338596
110	NC_020266	TCC	2	6	5197	5202	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	449338596
111	NC_020266	CAT	2	6	5284	5289	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	449338596
112	NC_020266	AAT	2	6	5302	5307	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	449338596
113	NC_020266	A	6	6	5332	5337	100 %	0 %	0 %	0 %	449338596
114	NC_020266	ATG	2	6	5356	5361	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	449338596
115	NC_020266	TGA	2	6	5405	5410	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	449338596
116	NC_020266	TTCATG	2	12	5419	5430	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	449338596
117	NC_020266	CA	3	6	5900	5905	50 %	0 %	0 %	50 %	449338597
118	NC_020266	A	7	7	5918	5924	100 %	0 %	0 %	0 %	449338597
119	NC_020266	TAT	3	9	5941	5949	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	449338597
120	NC_020266	CGG	2	6	5977	5982	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	449338597
121	NC_020266	TTA	2	6	5985	5990	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	449338597
122	NC_020266	ACT	2	6	6004	6009	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	449338597
123	NC_020266	AGC	2	6	6133	6138	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	449338597
124	NC_020266	TAATAT	2	12	6159	6170	50 %	50 %	0 %	0 %	449338597
125	NC_020266	T	6	6	6180	6185	0 %	100 %	0 %	0 %	449338597
126	NC_020266	ATT	2	6	6242	6247	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	449338597
127	NC_020266	TAG	2	6	6252	6257	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	449338597
128	NC_020266	TTA	2	6	6260	6265	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	449338597
129	NC_020266	TTG	2	6	6273	6278	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	449338597
130	NC_020266	AGA	2	6	6310	6315	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	449338597
131	NC_020266	GCG	2	6	6330	6335	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	449338597
132	NC_020266	AGC	2	6	6385	6390	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	449338597
133	NC_020266	TTA	2	6	6396	6401	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	449338597
134	NC_020266	T	6	6	6404	6409	0 %	100 %	0 %	0 %	449338597
135	NC_020266	AGC	2	6	6448	6453	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	449338597
136	NC_020266	TAT	2	6	6541	6546	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	449338597
137	NC_020266	GAT	2	6	6647	6652	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	449338597
138	NC_020266	A	7	7	6686	6692	100 %	0 %	0 %	0 %	449338597
139	NC_020266	ACAG	2	8	6736	6743	50 %	0 %	25 %	25 %	449338597
140	NC_020266	TAA	2	6	6751	6756	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	449338597
141	NC_020266	TCA	2	6	6757	6762	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	449338597
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143	NC_020266	AGA	2	6	6790	6795	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	449338597
144	NC_020266	GAT	2	6	6800	6805	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	449338597
145	NC_020266	ATTTT	2	10	6858	6867	20 %	80 %	0 %	0 %	449338598
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147	NC_020266	TCT	2	6	6886	6891	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	449338598
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149	NC_020266	T	8	8	6946	6953	0 %	100 %	0 %	0 %	449338598
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151	NC_020266	T	6	6	7072	7077	0 %	100 %	0 %	0 %	449338598
152	NC_020266	T	7	7	7350	7356	0 %	100 %	0 %	0 %	449338599
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155	NC_020266	TCA	2	6	7512	7517	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	449338599
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159	NC_020266	TAC	2	6	7796	7801	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	449338599
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161	NC_020266	TCT	2	6	7819	7824	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	449338599
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163	NC_020266	TGT	2	6	7890	7895	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	449338599
164	NC_020266	T	6	6	7946	7951	0 %	100 %	0 %	0 %	449338599
165	NC_020266	ATG	2	6	7991	7996	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	449338599
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167	NC_020266	CATT	2	8	8153	8160	25 %	50 %	0 %	25 %	449338600
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172	NC_020266	TAAT	2	8	8949	8956	50 %	50 %	0 %	0 %	449338601
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175	NC_020266	ATTTA	2	10	9120	9129	40 %	60 %	0 %	0 %	449338601
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183	NC_020266	CAT	2	6	9883	9888	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	449338602
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254	NC_020266	A	6	6	14107	14112	100 %	0 %	0 %	0 %	449338606
255	NC_020266	TAC	2	6	14144	14149	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	449338606
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261	NC_020266	TAA	2	6	14577	14582	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	449338606
262	NC_020266	CAA	2	6	14593	14598	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	449338606
263	NC_020266	CAG	2	6	14636	14641	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	449338606
264	NC_020266	CAAA	2	8	14732	14739	75 %	0 %	0 %	25 %	449338607
265	NC_020266	T	6	6	14754	14759	0 %	100 %	0 %	0 %	449338607
266	NC_020266	CT	3	6	14791	14796	0 %	50 %	0 %	50 %	449338607
267	NC_020266	TTC	2	6	14799	14804	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	449338607
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269	NC_020266	CTT	2	6	14831	14836	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	449338607
270	NC_020266	ATC	2	6	14871	14876	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	449338607
271	NC_020266	TGT	2	6	14878	14883	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	449338607
272	NC_020266	TCA	2	6	14899	14904	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	449338607
273	NC_020266	TGT	2	6	14908	14913	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	449338607
274	NC_020266	TTC	2	6	14931	14936	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	449338607
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362	NC_020266	TA	3	6	19854	19859	50 %	50 %	0 %	0 %	449338614

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.